Databank
In de Hartwig Medical Database beheren wij de genetische en klinische data van duizenden patiënten met uitgezaaide kanker in Nederland. Dit doen wij uiteraard met hun toestemming. De genetische data hebben wij via OncoAct gegenereerd. De ziekenhuizen waarin de patiënten behandeld zijn hebben de klinische data, waaronder behandeluitkomsten, aangeleverd. Onder het beheren valt het opslaan, bewerken en verstrekken van de data. Het is de grootste databank ter wereld in zijn soort.
Onderzoek naar betere kankerbehandeling
De data wordt anoniem en kosteloos beschikbaar gesteld voor wetenschappelijk onderzoek naar een betere behandeling van kanker. Onderzoeksgroepen uit de hele wereld maken er gebruik van.
Doel databank: nieuwe biomarkers vinden
De DNA-databank helpt onderzoekers kanker beter te doorgronden. Door de grote hoeveelheid patiëntgegevens kunnen zij patronen herkennen. Door een relatie te leggen tussen DNA-mutaties, tumorkenmerken, medicatie en het effect van behandelingen vinden de onderzoekers biomarkers. Zo worden niet alleen nieuwe behandelopties ontdekt, maar kunnen ook bestaande behandelingen doelmatiger worden ingezet.
Genereren van de data met WGS
Wij analyseren van elke patiënt het DNA van de tumor en van het bloed. We doen dat met Whole Genome Sequencing (WGS). Met deze techniek kunnen alle type veranderingen in kaart worden gebracht. Om zeker te weten dat de gemeten veranderingen mutaties zijn die alleen in de tumor voorkomen, wordt het DNA van de tumor altijd vergeleken met het ‘normale’ DNA van de patiënt. Voor dit laatste gebruiken we het DNA uit het bloed.
Analyse van de data
Voor de bioinformatische analyse van de data hebben wij een ultramoderne IT-pijplijn. We gebruiken verschillende softwaretools, waarvan de meeste in eigen huis zijn ontwikkeld. Zo kunnen we WGS-gegevens analyseren en varianten benoemen. Alle software, inclusief alle relevante documentatie die wij gebruiken voor onze IT-pijplijn is toegankelijk op GitHub.
Afbeelding: Overzicht van de set up en tools die worden gebruikt in Platinum, de Hartwig Medical Foundation IT-pijplijn (klik op de afbeelding om hem te vergroten).
Inhoud databank
De verzamelde genetische data vormt de grootste databank in de wereld met gegevens van uitgezaaide tumoren die zijn verkregen via WGS. Van de meeste patiënten is direct voor de behandeling een biopt genomen. Uniek is dat ook de data van de behandelingen en de resultaten daarvan van diezelfde patiënten is opgeslagen in de databank.
De omvang en frequentie van tumoren in deze databank is vergelijkbaar met de incidentie van solide tumoren in Nederland.
Naast moleculaire gegevens bevat de databank ook een steeds groter wordende lijst van tumorkarakteristieken. De gegevens in de databank zijn van de hoogste kwaliteit omdat wij een volledig uniforme werkwijze hebben toegepast vanaf biopt tot en met bioinformatische analyses.
Onderzoekers kunnen een geanonimiseerde actuele subset van gegevens uit de Hartwig Medical Database bekijken in de Hartwig Data Catalogue.
Zorgvuldig opslaan en uitgeven van de data
1. Zorgvuldig opslaan en uitgeven van de data
Vanzelfsprekend hanteren wij een strikt privacybeleid voor het gebruik van persoonsgegevens van patiënten.
2. Basisrichtlijnen
Daarnaast hebben wij basisrichtlijnen opgesteld voor de uitgifte van de data op vier verschillende gebieden: sociaal, ethisch, juridisch en contractueel. Data aanvragen van onderzoekers worden beoordeeld door een wetenschappelijke raad en een Data Access Board. Zo moet het onderzoek bijdragen aan het verbeteren van de behandeling van kanker en moet het binnen de kaders van de privacywetgeving het algemeen belang dienen. We verstrekken een specifieke subset van gegevens die nodig is voor het uitvoeren van het onderzoeksproject (doelbinding).
3. Vaste aanvraagprocedure
Aanvragers van data doorlopen een vaste procedure waarbij ze onder andere een licentieovereenkomst tekenen en toezeggen zich te houden aan de regels voor publicatie.
4. Europese privacywetgeving
In overeenstemming met de Europese privacywetgeving gelden specifieke regelingen voor het verstrekken van gegevens aan partijen die zich in een land buiten de Europese Economische Ruimte (EER) bevinden.
5. Regels voor publicatie
Onderzoekers die gebruik maken van door Hartwig Medical Foundation verstrekte gegevens moeten dit in elke publicatie expliciet vermelden.
De sleutel tot betere behandeling en minder overbehandeling bij (uitgezaaide) kanker
WGS is een welkome aanvulling in onze gereedschapskist, naast de klassieke HE, IHC en de (brede) NGS-panels en zou idealiter beschikbaar moeten zijn in ieder regionaal oncologienetwerk