Complete DNA van de tumor in kaart: directe invloed op behandelkeuzes en diagnosetitel

Whole genome sequencing (WGS) is een techniek waarbij het volledige DNA van een tumor in kaart wordt gebracht. Binnen het Antoni van Leeuwenhoek is dit inmiddels een vast onderdeel van de oncologische standaardzorg. Nieuw onderzoek van de afdeling Pathologie laat zien dat deze brede test niet alleen goed uitvoerbaar en snel is, maar ook directe invloed heeft op de diagnose en behandeling van patiënten met solide tumoren.

Moleculaire diagnostiek wordt al sinds de jaren negentig gebruikt om te bepalen of een tumor gevoelig is voor gerichte therapie. Waar vroeger vooral naar losse genen of kleine genpanelen werd gekeken, kan nu in één analyse het volledige tumor-DNA worden beoordeeld met WGS. “In plaats van stukjes informatie uit het DNA te halen, krijgen we nu een compleet overzicht. Dat geeft ons meer inzicht in de tumor en helpt ons om gerichter beslissingen te nemen,” zegt patholoog José van der Berg.

Sinds 2021 is WGS onderdeel van de routinezorg voor patiënten met uitgezaaide, zeldzame of moeilijk te classificeren tumoren. In de eerste twee jaar na invoering is bij 888 patiënten geprobeerd WGS uit te voeren, in samenwerking met Hartwig Medical Foundation.

De test bleek betrouwbaar en snel inzetbaar, met een slagingspercentage van 89 procent en een  gemiddelde doorlooptijd van 6,7 werkdagen, en daarmee sneller dan kleinere genetische testen.

Bij de patiënten bij wie WGS succesvol kon worden uitgevoerd en van wie voldoende klinische gegevens beschikbaar waren, werden bij 73 procent één of meer mogelijk behandelbare biomarkers gevonden. “In totaal had de uitslag bij 41 procent van de patiënten directe gevolgen voor de zorg, bijvoorbeeld doordat er aanknopingspunten werden gevonden voor een vergoede gerichte therapie, de diagnose werd aangescherpt, of erfelijke aanleg aan het licht kwam,” zegt patholoog Kim Monkhorst.

Monkhorst: “We zien in de praktijk dat brede moleculaire diagnostiek daadwerkelijk verschil maakt. Het gaat niet alleen om het vinden van een mutatie. Het gaat erom dat we alle genetische informatie meenemen in de zorg voor de patiënt, van diagnose tot behandelstrategie en erfelijkheid.” 

Daarnaast zagen de onderzoekers dat patiënten die WGS kregen voordat zij behandeld waren, en die tijdens hun behandeltraject een biomarker-geïnformeerde behandeling kregen, langer leefden dan patiënten bij wie dat niet gebeurde, ondanks dat er wel een biomarker was gevonden.

Meer duidelijkheid bij primaire tumor onbekend

De impact was vooral groot bij patiënten met een primaire tumor onbekend (PTO/CUP). Bij deze patiënten is niet goed vast te stellen waar de tumor is ontstaan. Met behulp van WGS kon in 63 procent van de gevallen alsnog worden bepaald om welk type tumor het ging, waardoor gerichter behandeld kon worden.

Van innovatie naar geïntegreerde standaardzorg

De resultaten laten zien dat WGS niet langer een experimentele techniek is, maar een vast onderdeel van de oncologische zorg. “Deze studie laat goed zien wat whole genome sequencing kan opleveren in de dagelijkse praktijk,” zegt Jeffrey van Putten, arts en onderzoeker, verbonden aan de Hartwig Medical Foundation. “De techniek is haalbaar en snel inzetbaar. Bovendien levert de WGS-uitslag bij een aanzienlijk deel van de patiënten informatie op die helpt bij klinische beslissingen, zoals het kiezen van een behandeling.”

De invoering van WGS binnen het AVL is tot stand gekomen in nauwe samenwerking met de Hartwig Medical Foundation, die de sequencing en bio-informatica verzorgt. Door klinische en genomische data te koppelen, ontstaat een rijke databron die niet alleen huidige patiënten helpt, maar ook nieuwe inzichten mogelijk maakt voor toekomstige behandelingen.