Focusgroep colorectal cancer: technisch hoogwaardige gegevens over het hele kankergenoom

4 oktober 2018  ‘Het fantastische aan de data van Hartwig is dat je technisch hoogwaardige gegevens over het hele kankergenoom krijgt, dus niet alleen over de genen die slechts 2% van het genoom omvatten, zoals dat eerst meestal het geval was. Met de data van Hartwig kun je nu ook kijken: zijn er verrassingen buiten de genen in het genoom? Dat biedt weer veel nieuwe mogelijkheden voor onderzoek. Met de focusgroepen moeten we gaan kijken hoe we die nieuwe mogelijkheden zo goed mogelijk kunnen benutten,’ aldus Remond Fijneman hoofdonderzoeker bij het Antoni van Leeuwenhoek – Nederlands Kanker Instituut

Hartwig heeft nu in totaal zo’n 3.500 samples diep gesequenced. Voor dikkedarmkanker zijn dat er ongeveer 475. Dat is zeer substantieel als je kijkt wat er internationaal aan genoomdata beschikbaar is. De CRC focus groep is pas net gestart. Samen met Jan Paul Medema van Amsterdam UMC hebben we eerst gekeken: welke mensen zijn er in Nederland bezig met onderzoek naar dikkedarmkanker die gebruik maken van moleculaire data?

Inventarisatie onderzoekswensen

We hebben gezocht naar een mix van mensen met een biologische en een medische achtergrond om bij elkaar te komen voor een eerste bijeenkomst. Waar ligt ieders onderzoeksinteresse? Hoe kan en wil je gebruik maken van de data van Hartwig?

Daar hebben we een inventarisatie van gemaakt. De interesse is heel uiteenlopend van onderzoek naar kiembaanvariatie, structural variants, tumor stroma percentage, CMS classificatie en onderzoek naar RNA expressieprofielen. Sommige onderzoeken richten zich puur op DNA-mutaties. Bij de CRC focusgroep wil je je meer richten op een combinatie van moleculaire en klinische gegevens. Hoe verhouden moleculaire veranderingen zich tot wat je bij patiënten ziet?

Win-win situatie creëren

Vanuit het blikveld van de CRC focusgroep heeft iedereen zijn of haar eigen onderzoekslijnen en expertise, waarvoor data van Hartwig een belangrijke rol kunnen spelen. Gaat iedereen onafhankelijk van elkaar onderzoeksvragen stellen bij Hartwig, of gaan we dat meer gecoördineerd aanpakken?

De essentie van de focusgroepen is volgens mij dat we een win-win situaties gaan creëren, door onderzoekers van verschillende disciplines samen te laten werken en door te voorkomen dat er dubbel werk wordt verricht. Nieuwe bevindingen die voortkomen uit de Hartwig data zouden, als verrijking van de Hartwig dataset, ook weer bij elkaar moeten worden gebracht.

Centrale portal voor alle bevindingen

Het zou mooi zijn als we met de CRC focusgroep klinische data en moleculaire data bij elkaar kunnen brengen en toewerken naar een portal waar je de belangrijke samenvatting kunt vinden van de belangrijkste karakteristieken van een patiënt en de moleculaire verandering. Een overzichtelijke plek waar iedereen in kan grasduinen om relevante patiënten te selecteren voor specifieke onderzoeksvragen, en waar ieders bevindingen weer terugstromen. Zodat je vanuit die nieuwe bevindingen weer verder kunt, de data steeds verder kunt verrijken. De een meet bijvoorbeeld het tumorstroma percentage, een ander de CMS classificatie. Als die bevindingen bij elkaar gebracht worden, dan kan vanuit daar weer verder gekeken worden: hoe correleert dat?

Er zijn handige tools die het mogelijk maken dit soort gegevens bij elkaar te brengen, er eenvoudig in te grasduinen en data mooi te visualiseren. Met zo’n tool zouden we de CRC focusgroep levendig kunnen maken.

Samenwerking en dwarsverbanden

De CRC focusgroep zit in de opstartfase. De komende maanden gaan we onze vervolgstappen bepalen. In Nederland is de samenwerking tussen onderzoekers grosso modo heel goed, zeker als je het vergelijkt met het buitenland. Het onderzoeksveld van dikkedarmkanker is al op verschillende manieren met elkaar verenigd in samenwerkingsverbanden. Je merkt nu in de praktijk dat het een uitdaging is daarnaast nog een samenwerkingsvorm op te zetten. Tegelijkertijd biedt het weer een uitdaging om nieuwe dwarsverbanden te laten ontstaan. Dat is precies wat je nodig hebt met de focusgroepen.

Remond Fijneman is hoofdonderzoeker bij het Antoni van Leeuwenhoek – Nederlands Kanker Instituut en een van de kartrekkers van de focusgroepen ‘colorectal cancer’ (CRC, oftewel dikkedarmkanker). Doel van de focusgroepen, waar Hartwig bij de opstart betrokken is geweest, is om het onderzoek en het gebruik van genetische en klinische data uit de Hartwig databank verder te stimuleren rond een bepaalde tumorsoort of thema/behandeling.