Whole genome sequencing geeft vaak uitsluitsel over primaire origine en tumortype

“Voor het geven van de juiste behandeling van kanker wil je weten waar de primaire tumor zich bevindt en wat voor tumortype dit is. Meestal lukt het goed om hierachter te komen met standaard histopathologisch en moleculair onderzoek, maar bij 3%  van de patiënten (3.600 patiënten per jaar in Nederland) blijft dit onduidelijk. Door de WIDE-studie kwamen we op het idee om Hartwig Medical Foundation te vragen hiermee te helpen en een uitgebreidere analyse te doen van de Whole Genome Sequencing (WGS) data van de tumor of uitzaaiing. We hebben hierdoor al diverse patiënten gericht kunnen behandelen”, aldus Petur Snaebjornsson, patholoog in het Nederlands Kanker InstituutAntoni van Leeuwenhoek.

Het komt af en toe voor dat de patholoog en de behandelend arts er samen niet goed uit komen in welk orgaan de tumor is ontstaan, genoemd ‘de primaire origine’. Als de patiënt al eerder kanker heeft gehad dan zijn er soms vraagtekens of de patiënt een nieuwe primaire tumor heeft of dat het om uitzaaiing van de reeds bekende tumor gaat. Soms wordt er dan een extra onderzoek gedaan, zoals bijvoorbeeld een scan of gastroscopie. Als desondanks de primaire origine van de tumor onbekend blijft dan wordt de patiënt behandeld op basis van wat meest waarschijnlijk lijkt (werkdiagnose) of volgens een meer algemeen behandelschema voor tumoren zonder bekende primaire origine.

Verder komt het weleens voor dat het tumortype niet duidelijk is. Dat is bijvoorbeeld carcinoom, mesothelioom, sarcoom of melanoom. In dat geval wordt, zo ver dat mogelijk is, een voorkeursdiagnose gegeven.

Als Snaebjornsson weet dat de tumor van de patiënt in de WIDE-studie al een WGS-analyse heeft ondergaan dan vraagt hij bij twijfel over een diagnose aan Hartwig Medical Foundation om nog een extra analyse uit te voeren op de WGS-data, waarbij in meer detail wordt gekeken of de DNA-afwijkingen en zogeheten mutational signatures passen bij een bepaalde tumortype en primaire origine. Het komt dus regelmatig voor dat de patiënt deelneemt aan de WIDE-studie en de behandelend arts er op die manier achter komt waar de primaire tumor zich bevindt of met welk tumortype hij te maken heeft.

Vermoeden behandelend artsen bevestigd

Snaebjornsson: “we hebben bijvoorbeeld een tumor in de maag van een patiënt onderzocht. Met de standaardtesten konden wij de tumor niet classificeren, dat wil zeggen een aantal tumortypes kwam in aanmerking als diagnose – met belangrijke verschillen in keuze van behandeling. In het verleden heeft deze patiënt een melanoom gehad. Een metastase van het melanoom was dus een mogelijkheid maar kon niet worden vastgesteld. Uit de WGS-analyse bleek dat het profiel van de tumor uit de maag overeenkwam met dat van een melanoom. Het vermoeden werd dus met WGS bevestigd en de patiënt kon zo gericht met immuuntherapie, in plaats van andere behandelschema´s bedoeld voor andere tumortypes, behandeld worden.”

Vermoeden uitzaaiing vanuit long- of spijsverteringskanaal bleek onjuist

“Een andere patiënt, met een uitzaaiing in de lever, heeft eerder een prostaatcarcinoom gehad. Het profiel dat we hebben gegenereerd met de eigen testen wees op een uitzaaiing vanuit het long- of spijsverteringskanaal. Uit de extra analyse van de WGS-data bleek echter dat de karakteristieke veranderingen in de tumor overeenkwamen met die van het prostaatcarcinoom. Daarmee was de primaire origine gevonden en was deze ook anders dan de eerdere aanwijzingen deden vermoeden”.

Cijfers uitsluitsel primaire tumor via WGS

De WGS-data geven niet altijd uitsluitsel over de primaire tumor en het tumortype, maar wel vaak. Uit een recente publicatie in Nature gebaseerd op WGS-data van Hartwig Medical Foundation blijkt dat in 75% van de gevallen waar de primaire origine onbekend is, er wel een duidelijke aanwijzing of richting wordt gevonden met WGS.