Meerwaarde Whole Genome Sequencing duidelijk voor Antoni van Leeuwenhoek 

Het Antoni van Leeuwenhoek in Amsterdam maakt al enkele jaren structureel gebruik van Whole Genome Sequencing (WGS), in samenwerking met Hartwig Medical Foundation. Het is een belangrijke stap gebleken, stelt José van den Berg, medisch vakgroephoofd pathologie. Zowel voor de patiëntenzorg als voor wetenschappelijk onderzoek. 

Door Frank van Wijck, wetenschapsjournalist 

“Wij maken sinds 2019 gebruik van WGS”, vertelt Van den Berg. “De WIDE-studie (1) was doorslaggevend hiervoor. Voor die tijd werd WGS alleen verricht in het kader van de CPCT-studie (2), waar de afdeling pathologie nauwelijks bij betrokken was. Tijdens en na de WIDE-studie ging het proces via de afdeling pathologie lopen en konden wij het finetunen. Niet alleen de hele route van hoe de uitslag het beste kan worden geïnterpreteerd, besproken en weergegeven in het pathologie verslag, maar bijvoorbeeld ook hoe we het stukje met het meeste tumorweefsel kunnen selecteren om het DNA te laten typeren. Er is een goede samenwerking in dit proces tot stand gekomen tussen de uitsnijkamer, de pathologen en de  moleculaire analisten, en daardoor hebben we het uitvalpercentage kunnen terugbrengen van dertig naar minder dan tien procent.”  

“Door goede samenwerking hebben we het uitvalpercentage kunnen terugbrengen van dertig naar minder dan tien procent”

Deze zorgvuldigheid past bij de missie van het AVL: a cure for every cancer. “Voor ons betekent dat: van iedere tumor alle behandelmogelijkheden in kaart brengen”, zegt Van den Berg, “en zorgvuldig de tumor classificeren. Het grote voordeel van WGS is dat het in één keer het hele DNA van de patiënt in kaart brengt.” 

De structurele multidisciplinaire overleggen in het AvL en de tumorwerkgroepen per kankersoort zorgen ervoor dat alle specialisten binnen het ziekenhuis op de hoogte zijn van de mogelijkheid van WGS. “We weten van elkaar wat we doen en kunnen”, zegt Van den Berg, “en we overleggen over nieuwe technologieën die zich aandienen.” 

Patiëntselectie 

WGS wordt in het AvL ingezet voor alle patiënten bij wie de primaire tumor onbekend is (PTO), bij sarcomen, bij gemetastaseerde tumoren en in het kader van het GENAYA-project (3) voor jongeren met kanker. “We zien af van WGS als duidelijk is dat de patiënt niet meer kan worden behandeld omdat hij hiervoor al te slecht is”, zegt Van den Berg. 

Informatie over WGS is in het AvL voor alle specialisten te vinden in de documenten die hierover zijn verzameld in het kwaliteitsmanagementsysteem. “Hierin zijn van alle lopende verrichtingen en van studies de gegevens terug te vinden”, vertelt Van den Berg. “Ook is hier informatie te vinden over het aanvragen van een WGS-bepaling. Verder is er altijd ruimte voor intercollegiaal overleg, als een specialist wil weten of het zinvol is om voor een patiënt WGS aan te vragen. Ook dat is belangrijk, want we willen het uiteraard doelmatig inzetten.” Het is de klinische arts die de toelichting voor de patiënt verzorgt. Als de patiënt ook wil worden geïnformeerd over erfelijke informatie die kan worden gevonden, en er wordt daadwerkelijk een aanwijzing gevonden voor erfelijke aanleg, dan is het de klinisch geneticus die hiervoor het gesprek voert met de patiënt. 

Procedure  

Een WGS aanvragen gebeurt gewoon via het ziekenhuisinformatiesysteem. Vaak is het de radioloog die, onder beeldvorming, het biopt afneemt. “Soms is het de dokter die een scopie verricht ”, zegt Van den Berg, “maar bij een operatie kan het ook de operateur zijn.” De afdeling pathologie verstuurt het meest geschikte vriesbiopt naar Hartwig Medical Foundation. Het bloed gaat via het klinisch chemisch laboratorium. “Onze afdeling bewaakt of dit allebei gebeurt”, zegt ze. “Van het tumorweefsel dat we van een patiënt van de operatiekamer ontvangen, proberen we altijd standaard een stukje weefsel in te vriezen. Dat doen we al jaren zo. Ook als bij een biopsieprocedure meerdere biopten worden afgenomen, proberen we een stukje in te vriezen. Dat weefsel slaan we op voor aanvullend onderzoek in het kader van de patiëntenzorg, of voor wetenschappelijk onderzoek. Als in een later stadium blijkt dat er een indicatie is voor WGS, hoeft niet nogmaals een biopt te worden afgenomen, wat belastend zou kunnen zijn voor de patiënt. Dit geeft al aan hoe waardevol het voor de patiënt met kanker om in een centrum als het AvL te zijn; deze routine is hier aanwezig.” 

“Van het tumorweefsel dat we van een patiënt van de operatiekamer ontvangen, proberen we altijd standaard een stukje weefsel in te vriezen”

Erfelijke aanleg 

Voor WGS dient het weefsel ingevroren bewaard te worden; op die manier blijft de kwaliteit van het DNA het beste. Daarnaast is voor WGS een vergelijking met het DNA uit alle niet-kankercellen noodzakelijk. Hiervoor moet in een aparte buis bloed van de patiënt worden afgenomen. Die buis moet dan samen met het ingevroren biopt naar Hartwig Medical Foundation worden vervoerd. “De resultaten van de DNA-analyse van cellen uit het bloed kunnen soms informatie geven over een erfelijke aanleg”, vertelt Van den Berg. “Hierover vindt altijd vooraf overleg plaats met de patiënt of die hierover wel of niet wil worden geïnformeerd. Veel patiënten willen dat wel. We hopen dat we door onderzoek naar erfelijke aanleg beter begrijpen welke mensen gevoelig zijn voor het krijgen van bepaalde soorten kanker.  Als we dat beter begrijpen, kunnen we bijvoorbeeld meer gericht dan nu kiezen welke mensen we willen screenen in het kader van een bevolkingsonderzoek. Dat doen we nu slechts op basis van de criteria leeftijd en geslacht. Als we meer weten over erfelijke aanleg, kunnen we beter voorspellen voor welke groep mensen een bevolkingsonderzoek zin heeft.”  

“We hopen dat we door onderzoek naar erfelijke aanleg beter begrijpen welke mensen gevoelig zijn voor het krijgen van bepaalde soorten kanker.  Als we dat beter begrijpen, kunnen we bijvoorbeeld meer gericht dan nu kiezen welke mensen we willen screenen in het kader van een bevolkingsonderzoek.”

Waarde voor de patiënt 

Het voordeel voor de patiënt van de toepassing van WGS is duidelijk, stelt Van den Berg: het leidt in één procedure tot de juiste typering en dus tot de juiste behandeling als een behandeloptie beschikbaar is. “En als in een later stadium een nieuwe behandeling op de markt komt die aansluit op het DNA-profiel, dan kan op basis van de opgeslagen DNA-data worden vastgesteld of de patiënt een nieuwe behandelmogelijkheid kan worden geboden als de kanker terugkeert.” 

Er is nog een punt. Van den Berg legt uit: “Ik vond het een eyeopener om via WGS bij longkanker te kunnen bepalen of het wel of niet aan roken gekoppeld is. Dit kan niet alleen van invloed zijn op de behandeloptie die de patiënt kan worden geboden, het doet ook wat met een patiënt als die weet dat het niet van roken komt. Daarnaast is er natuurlijk nog het voordeel dat de patiënt die dat wenst kan worden geïnformeerd over een eventuele erfelijke aanleg. Meer indirect, maar zeker niet minder relevant, is dat WGS altijd tot gestructureerde data leidt, wat waardevol is voor onderzoek. De resultaten daarvan kunnen op termijn ook weer de patiënt ten goede komen.” 

“Als in een later stadium een nieuwe behandeling op de markt komt die aansluit op het DNA-profiel, dan kan op basis van de opgeslagen DNA-data worden vastgesteld of de patiënt een nieuwe behandelmogelijkheid kan worden geboden als de kanker terugkeert.” 

Duidelijke belangstelling 

Patiënten zijn in het algemeen zeer bereid om toestemming te geven voor opname van de klinische data in de database van Hartwig Medical Foundation, stelt Van den Berg. Voor de erfelijke data geldt in veel gevallen hetzelfde. Geeft een patiënt geen toestemming, dan worden de data na typering vernietigd. “Veel patiënten kiezen voor ons ziekenhuis omdat we wetenschappelijk onderzoek doen en omdat we altijd de beste behandelopties proberen aan te bieden, ook als die nieuw zijn”, zegt ze. “Wat wij ze hier bieden, komt tegemoet aan de vraag die bij patiënten leeft. Zeker bij gevorderde ziekte willen ze weten of er nog een behandeling is voor ze, of een experimentele behandeling in een klinische studie.” 

Ook andere ziekenhuizen tonen belangstelling voor hoe het AvL werkt. “Ze zijn welkom om te komen kijken”, zegt Van den Berg. “Mijn toekomstverwachting is dat WGS het merendeel van de kleinere DNA-tests gaat vervangen. De workflow in het laboratorium wordt dan voor alle solide tumoren veel effectiever. En het gaat het wetenschappelijk onderzoek helpen om – met ondersteuning van computertechnologie – tot snellere innovatie te komen.” 

1. Feasibility of whole‐genome sequencing‐based tumor diagnostics in routine pathology practice – Samsom – 2022 – The Journal of Pathology – Wiley Online Library 

2. CPCT | Studie info 

3. GENAYA project – Hartwig Medical Foundation 

Meer informatie 

• Wat is whole genome sequencing; toelichting en korte video 
• Conclusies WIDE-studie 
• Alle berichten over Whole Genome Sequencing