Hartwig versterkt wereldwijde precisie-oncologie met oncoanalyser
Nicole Schonrock over het opschalen van precisiezorg voor patiënten met kanker in Australie
Hartwig Medical Foundation heeft krachtige software voor de analyse van moleculaire data van patiënten met kanker ontwikkeld. Het versterken van externe samenwerkingen kan deze software nu beschikbaar maken voor nog meer clinici, zodat zij patiënten van vandaag beter kunnen helpen, zegt Nicole Schonrock, Head of Partnerships and Clinical Implementation bij Hartwig Australia.
Gepersonaliseerde behandeling van patiënten met kanker staat centraal in de missie van Hartwig Medical Foundation. Collega’s in Nederland, Australië en Canada werken samen aan technologieën die moleculaire data omzetten in klinische inzichten. Na meer dan tien jaar samenwerking op het gebied van hoogwaardige datageneratie, het bouwen van analysetools en databankcapaciteiten, versterkt elke innovatie het totale systeem en maakt het betere, datagedreven zorg mogelijk voor iedere patiënt met kanker.
De pipeline oncoanalyser is een pakket van door Hartwig ontwikkelde software dat samen met partners van de University of Melbourne is samengebracht tot één pipeline. Deze dient als een uitgebreide analysetoolkit voor onderzoekers en clinici.
De pipeline kan genetische gegevens van patiënten automatisch verwerken en analyseren, en alle relevante moleculaire gebeurtenissen identificeren — van eenvoudige fouten in één nucleotide tot complexe kopieaantalveranderingen, signaturen en biomarkers die kunnen helpen bepalen welke medicijnen gericht zijn op de gevonden moleculaire afwijkingen in de tumor.
Schonrock vertelt dat oncoanalyser is gebouwd op een ideaal datavolume: de Hartwig Medical Database. Die bevat gegevens uit ingevroren biopten van duizenden Nederlandse patiënten. Omdat de biopten vrij zijn van chemische fixatieven die DNA- en RNA‑moleculen aantasten, is de datakwaliteit uitzonderlijk hoog. “We zijn begonnen met de meest perfecte data die je je kunt voorstellen, en heel veel ervan,” zegt ze.
De geautomatiseerde verwerkingspipeline van oncoanalyser heeft al geholpen om wachttijden voor patiënten drastisch te verkorten.
“De software die Hartwig heeft gebouwd, biedt veel van de automatisering die zeer snelle analyse van eigenlijk heel complexe data mogelijk maakt,” zegt Schonrock.
Voor patiënten bij het Antoni van Leeuwenhoek (AvL) duurt het bijvoorbeeld nog maar zes werkdagen vanaf het moment dat ingevroren biopten bij Hartwig binnenkomen, via whole‑genome sequencing en data-analyse, tot de resultaten bij de behandelend arts liggen. “Met een doorlooptijd van iets meer dan een week kan die patiënt mogelijk zeer gepersonaliseerde behandeling krijgen op basis van de precieze genetische samenstelling van de tumor,” zegt ze.
Een flexibele, multifunctionele oplossing
De afgelopen jaren was het een belangrijk doel om oncoanalyser zo flexibel mogelijk te maken, zegt Schonrock. De Australische partners van Hartwig laten zien hoe breed die flexibiliteit moet zijn. Aan één kant van het spectrum staat Zero Childhood Cancer, een initiatief van het Children’s Cancer Institute en het Kids Cancer Centre van het Sydney Children’s Hospital.
Zij gebruiken oncoanalyser om jaarlijks whole‑genome sequencing‑data te verwerken voor ongeveer 1.300 kinderen met kanker uit 11 kinderziekenhuizen in Australië en Nieuw‑Zeeland. Het programma wil precisiegeneeskunde tot standaardzorg maken voor kinderen met kanker, en Hartwig ondersteunt hen graag in dat doel.
Toch blijft whole‑genome sequencing voor veel patiënten buiten bereik. “De realiteit is dat in Australië, maar ook wereldwijd, de reguliere klinische praktijk meestal gebruik maakt van betaalbaardere genpanels,” zegt Schonrock.
Om meer patiënten te helpen, past Hartwig Australia oncoanalyser aan voor kleinere paneldatasets. Het team werkt samen met verschillende partners die deze panels routinematig inzetten voor patiëntenzorg.
Een daarvan is Omico, een Australische non-profitorganisatie die patiënten toegang biedt tot grote, uitgebreide genomische profielpanels waarmee ongeveer 500 genen worden gescreend op mutaties die kanker veroorzaken. Het doel is om patiënten met uitgezaaide of ongeneeslijke kanker te koppelen aan klinische trials. Omico heeft al meer dan 33.000 Australische patiënten geholpen en verwerkt hun paneldata via oncoanalyser. “Dit helpt hen om uitgebreide inzichten te krijgen en soms aanvullende bevindingen,” zegt Schonrock.
Daarnaast heeft een samenwerking met het Peter MacCallum Cancer Institute in Melbourne aangetoond dat oncoanalyser niet alleen werkt voor solide tumoren, maar ook een effectieve pipeline is voor bloedmonsters van patiënten met hematologische kanker. “We hebben geholpen een hematologisch panel van 150 genen te ontwerpen, en zij draaien dit op grote schaal met oncoanalyser om duizenden patiënten per jaar te helpen,” zegt Schonrock.
Panelkansen
Hoewel oncoanalyser clinici kan ondersteunen die genpanels gebruiken, denkt Schonrock dat paneldata ook de dataset in de Hartwig Medical Database kan versterken. “Een groot panel met goede klinische data en behandeluitkomsten is krachtig,” zegt ze. Analytische frameworks hebben alleen betere functionaliteit nodig om datasets te integreren en te selecteren. Voor nu is het volume van grote klinische panels groter dan dat van whole‑genome sequencing, waardoor panels de statistische kracht kunnen vergroten.
“Uiteindelijk gaat het bij data om volume; je hebt aantallen nodig om trends te zien,” zegt Schonrock.
Ze ziet ook kansen om de totale kosten van genomische analyse te verlagen, zodat toegang tot testen kan worden verbreed. Hartwig werkt met partners aan het co‑ontwerpen van nieuwe, kostenefficiënte panels die perfect zijn geoptimaliseerd voor oncoanalyser. Dit helpt laboratoriumprocessen te stroomlijnen en verkort de doorlooptijd door de automatisering die nodig is om testen op schaal te leveren.
Een nieuwe dienst in de pijplijn
In de meeste gevallen draaien clinici en onderzoekers in Australië de open‑sourceversie van oncoanalyser zelf. Dat werkt goed voor instituten met lokale bio-informatica-expertise, zegt Schonrock. Maar ze wil de krachtige analysetools van oncoanalyser beschikbaar maken voor alle laboratoria, ook voor diegenen die meer bio-informatische ondersteuning nodig hebben.
Daarom lanceert Hartwig binnenkort OncoAnalyserDx, waarmee testlaboratoria data rechtstreeks naar Hartwig kunnen uploaden voor analyse. Na analyse ontvangen zij resultaten voor klinische beoordeling die kunnen helpen bij diagnose, behandeling en monitoring van patiënten. Zo kunnen nog meer patiënten profiteren van oncoanalyser, zegt Schonrock.
Neem contact op
Als je interesse hebt in samenwerkingen rond precisie-oncologie, of vragen hebt over hoe je oncoanalyser het beste kunt inzetten voor jouw situatie, neem dan contact op via info@hartwigmedicalfoundation.nl.
Meer informatie
U las een artikel over het onderwerp Behandeling op maat. Wellicht bent u ook geïnteresseerd in Algoritmes, Biomarker, Hartwig Medical Database, Hartwig Medical Foundation, Hergebruik data, Innovatie, IT, Lerend zorgsysteem, Moleculaire diagnostiek, OncoAct, oncoanalyser, OncoAnalyser Dx of Whole genome sequencing.Alle nieuwsberichten
Lees ook
GENAYA: Meer dan 100 patiënten aangemeld
De aanmeldingen en inclusies voor het GENAYA-project nemen toe. Hartwig Medical Foundation heeft van 114 AYA-patiënten tumorweefsel ontvangen om het …
Tussenstand onderzoek naar hersentumoren: 50 patiënten geïncludeerd
In augustus 2022 zijn we gestart met de GLOW-studie. Wat is de stand van zaken? Hoe nu verder? We hopen …
Wat doet Hartwig Medical Foundation met alle verzamelde data?
Regelmatig krijgen wij bij Hartwig Medical Foundation vragen rondom de onderwerpen eigendom van data, publicatierecht en intellectual property (IP). Om …
Er komen steeds meer oncologische geneesmiddelen beschikbaar die maar voor een klein deel van de patiënten geschikt zijn. Op dit moment vinden we die patiënten niet. Bij élke patiënt met uitgezaaide kanker zou uitgebreide genetische screening moeten plaatsvinden.